南京市水上运动学校是南京市体育局直属单位，事业法人，正处级。内设办公室、人保科、训练科、医疗科、总务科、场地器材科和经营开放办公室，在校教职工45人，其中高级教练2人，中级教练9人，初级教练4人，在训运动员100余人。学校前身为1956年创建的南京市水上运动站，50多年来，学校获得世界冠军1个，亚运会冠军7个，全国冠军94个。
学校位于紫金山下的玄武湖畔，整个学校沿玄武湖南堤直线型分布，占地面积约18000平方米，绿化面积5500平方米，建筑面积9000m2，主要有办公楼、运动员综合楼、运动员接待中心、兴奋剂检测中心、赛场主席台、终点计时台、综合训练房、篮球场、网球场、艇库和浴室。学校拥有训练水域2200亩，赛道直线总长2200m，宽162m，其中赛艇赛道6条，皮划艇赛道9条，有上下水码头、分段计时台、发令台、电子计时计分系统等配套设施。
学校有专业的运动学校校并单独设有训练场、训练房、运动员餐厅，南京宗奥保洁公司针对南京市水上运动学校整体楼宇开荒保洁工作及长期保洁清洁工作。
